No existe suficiente claridad respecto de la vida de este músico, cuyos datos personales han sido objeto de conjeturas e interpretaciones contradictorias. Tanto el lugar como el año de su nacimiento pudieron haber sido Milán y 1590 respectivamente. 

Frontispicio de la primera edición de "Motetti Op. 4" de Francesco della Porta - 1651

Della Porta estudió en Monza bajo la dirección de Giovanni Domenico Ripalta, y luego se trasladó a Milán, donde pasó casi por completo el resto de su vida. Como organista y compositor desarrolló primero, y durante muchos años, su actividad en la iglesia de S. Ambrogio de Milán. Ocupó este cargo cuando en 1638 compitió por primera vez (lo intentó al menos en tres ocasiones, pero siempre sin éxito) por el puesto de maestro di cappella de la catedral de Milán. Junto a él llegaron Pietro Gambari y G. Battista Crivelli, quien resultó ser el ganador. El concurso tuvo lugar nuevamente en 1641, dado el paso de Crivelli a la basílica de Santa Maria Maggiore en Bérgamo, y nuevamente con tres aspirantes: el Della Porta precisamente, un tal Antonio Leoni y el sacerdote Antonio Maria Turati, que fue elegido el 9 de enero

En 1645, y más probablemente ya en 1642, cuando sucedió al propio Turati en este cargo, encontramos a Della Porta como maestro de capilla de Santa Maria presso San Celso. Desde 1657 y hasta su muerte, Della Porta ocupó el cargo de maestro de capilla en la iglesia de San Antonio de Milán.

Intérprete muy estimado en su tiempo y buen compositor, Della Porta fue según el teólogo Filippo Picinelli (1604-1679) ‘un sujeto de virtud eminente, y de una ingeniosidad muy viva, tanto en tocar el órgano con dura posesión y rara extrañeza, como en formar composiciones musicales’. Esto se aprecia en su producción, tanto vocal como instrumental.